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Route 124
Route 124 ist eine Meeresroute in der Hoenn-Region. Sie verbindet die Stadt Seegrasulb City mit Moosbach City sowie mit den Routen 125, 126 und 127. Man findet hier den Schatzsucher, der einem Purpurstücke, Indigostücke, Gelbstücke und Grünstücke gegen Evolutionssteine eintauscht. Diese Route hat ein großes Unterwasserareal, welches man mit der VM Taucher erreichen kann. Sie zählt zu den flächenmäßig größten bekannten Routen.
Route 125
Route 125 ist eine Meeresroute in der Hoenn-Region. Sie verbindet Moosbach City mit der Küstenhöhle.
Route 126
Route 126 ist eine Meeresroute in der Hoenn-Region. In der Mitte befindet sich die Vulkaninsel-Stadt Xeneroville, die von tiefen Gewässern umringt ist. Die Stadt kann man nur mit der VM Taucher erreichen. Einmal erreicht, kann sie immer wieder angeflogen werden. In Pokémon Smaragd gibt es doppelt so viele Trainer wie in Rubin und Saphir.
Route 127
Route 127 ist eine Meeresroute in der Hoenn-Region. Sie verbindet Moosbach City und Route 128. Obwohl diese Route einen Unterwassergraben hat, kann man keine Tiefseepokémon fangen, weil kein Seegras in den Schluchten wächst. Mit 9 Quadranten bildet diese Route die größte in der gesamten Pokémon-Welt.
Route 128
Route 128 ist eine Meeresroute in der Hoenn-Region. Sie verbindet die Routen 127 und 129, führt aber auch zur Pokémon Liga in Prachtpolis City, wofür allerdings die VM 07 Kaskade notwendig ist. Auf dieser Route befindet sich die Tiefseehöhle, in der man das letzte Mal gegen Team Aqua oder Team Magma antreten muss.
Route 129
Route 129 ist eine Meeresroute in der Hoenn-Region. Sie fungiert als Verbindung der Routen 128 und 130.
Route 130
Route 130 ist eine Wasserroute in der Hoenn-Region. Sie führt von Route 129 zu 131. Zu einem sehr geringen Prozentsatz erscheint hier das Wundereiland, wo man nur Isso begegnen kann und auf dem ein Lydzibeerenstrauch wächst. In Floßbrunn kann man sich informieren, ob Wundereiland erschienen ist oder nicht.
Route 131
Route 131 ist eine Meeresroute in der Hoenn-Region. Sie verbindet Floßbrunn mit Route 130. Außerdem befindet sich hier der Himmelturm, auf dessen Spitze sich Rayquaza aufhält. In Pokémon Rubin und Saphir kann man ihn nach dem Besiegen des Champs betreten. In Pokémon Smaragd ist dies erheblich früher möglich, da dort das Fangen von Rayquaza Teil der Hauptstory ist.
Route 132
Route 132 ist eine Meeresroute in der Hoenn-Region. Sie stellt eine Verbindung zwischen Floßbrunn und Route 133 her. Das besondere Merkmal der Route ist die Meeresströmung, die der Grund dafür ist, dass die Route nur von Ost nach West passiert werden kann. Es lohnt sich, die Route mehrmals abzusurfen, da man von der Strömung immer wieder neu abgetrieben werden kann.
Route 133
Route 133 ist eine Meeresroute in der Hoenn-Region. Sie verbindet die Routen 132 und 134. Das besondere Merkmal dieser Route ist die Meeresströmung, die der Grund ist, warum man die Route nur von Ost nach West passieren kann. Es lohnt sich, die Route mehrmals abzusurfen, da man von der Strömung immer wieder neu abgetrieben werden kann.
Route 134
Route 134 ist eine Meeresroute in der Hoenn-Region. Sie ist die letzte Route Hoenns. Sie verbindet Route 133 und Graphitport City. Das besondere Merkmal dieser Route ist die Meeresströmung, die der Grund ist, warum man die Route nur von Osten nach Westen passieren kann. Es lohnt sich, sie mehrmals abzusurfen, da man von der Strömung immer wieder zu anderen Orten der Route abgetrieben werden kann, unter anderem zur Siegelkammer.
Feuriger Pfad
(Fiery Path)
Der Feuriger Pfad ist eine Höhle in der Hoenn-Region. Der Tunnel führt durch den Schlotberg.
Grabmal
(Ancient Tomb)
Das Grabmal ist eine Ruine in der Hoenn-Region.
Granithöhle
(Granite Cave)
Die Granithöhle ist eine alte Granitmine in der Hoenn-Region, welche auf der Route 106, nördlich von Faustauhaven, liegt.

Höhlenatelier
(Artisan Cave)
Das Höhlenatelier ist eine Höhle in der Hoenn-Region. Man kann nur per Surfer über einen Wasserfall zu dieser Höhle kommen, nachdem man ein Mogelbaum mit der Wailmerkanne gegossen und somit vertrieben hat.
Inselhöhle
(Island Cave)
Die Inselhöhle ist eine Ruine in der Hoenn-Region. Sie wurde von den frühen Menschen von Hoenn erbaut, da sie das mächtige Sublegendäre Pokémon Regice, aus Angst vor diesem, wegsperren mussten. Nachdem der Protagonist das Rätsel in der Siegelkammer gelöst hat, erscheint ein Eingang und er erhält nach einem weiteren Brailleschrifträtsel Zugang zu Regice.
Küstenhöhle
(Shoal Cave)
Die Küstenhöhle liegt in der Hoenn-Region. Aufgrund ihres eher kühlen Klimas leben in ihr viele Eis-Pokémon. Außerdem macht sie in der 3. Generation von der im Spiel eingebauten inneren Uhr Gebrauch. In einem Zeitabstand von sechs Stunden herrscht in ihr jeweils Ebbe oder Flut. Es gibt Bereiche der Küstenhöhle, welche man bei Flut nicht erreichen kann, und Bereiche, die man bei Ebbe nicht erreichen kann. In der Küstenhöhle lebt nahe am Eingang ein älterer Mann, welcher dem Spieler aus 4× Küstensalz und 4× Küstenschale jeweils 1× Seegesang herstellt. Jeden Tag kann man erneut Küstensalz und Küstenschale finden. In Pokémon Omega Rubin und Alpha Saphir erhält man von ihm außerdem den Lahmusnit.
Metaflurtunnel
(Rusturf Tunnel)
Der Metaflurtunnel ist eine Höhle in der Hoenn-Region. Sie hat insgesamt drei Eingänge, wobei zwei davon zur Route 116 führen. Bergarbeiter haben der Pokémon wegen die Ausbauarbeiten, welche mit lauten Maschinen ausgeführt wurden, abgebrochen, ein Schwarzgurt hat jedoch ohne Maschinen weitergegraben. Allerdings versperren in der ersten Zeit zwei Felsen den Weg, was dazu führt, dass ein langer Umweg über die Meteorfälle oder Faustauhaven genommen werden musste, um zwischen den Städten zu pendeln. Nach dem Erhalt der VM06 Zertrümmerer kann man besagte Felsen zerstören, diese bilden sich nicht mehr nach. Der Protagonist trifft hier auf einen Magma Rüpel, beziehungsweise auf einen Aqua Rüpel, welcher mit den Devon-Waren und Mr. Bracks Wingull, Pecko, nach Wiesenflur flüchten will.
Meteorfälle
(Meteor Falls)
Die Meteorfälle sind eine Höhle in der Hoenn-Region. In diesem Gebiet schlagen oft Meteoriten ein, deshalb ist es der Arbeitsplatz des Forschers Professor Kosmo. Gerade als der Spieler die Meteorfälle zum ersten Mal besucht, sieht er wie Team Aqua oder Team Magma Prof. Kosmo um einen Meteoriten beraubt, den sie für ihre üblen Pläne benutzen wollen. Anzumerken ist, dass der Champ Troy und Drachentrainer regelmäßig hier trainieren. Troy trifft man allerdings erst nach Eintritt in die Ruhmeshalle in einem separaten Raum. Der wichtigste Punkt jedoch ist, dass man hier nur an einer bestimmten Stelle, nämlich in dem Raum, in dem man die TM Drachenklaue findet, Kindwurm fangen kann.

Ozeanhöhle
(Marine Cave)
Die Ozeanhöhle liegt in der Hoenn-Region, die zufällig auf den Routen 105, 125, 127 oder 129 auftaucht und erst nach dem Erhalten des Nationalen Pokédex erreichbar ist. In ihr kann man Kyogre auf Level 70 fangen.
Pyroberg
(Mt. Pyre)
Der Pyroberg ist die letzte Ruhestätte für verstorbene Pokémon der Hoenn-Region und damit vergleichbar mit dem Pokémon-Turm in Kanto, dem Turm der Ruhenden in Sinnoh und dem Turm des Himmels in Einall. Man sagt, dass alles Leben hier sein Ende findet, im Gegensatz zur Urzeithöhle, in der alles Leben beginnen soll. Deshalb haben sich Geist-Pokémon an diesem düsteren Ort angesiedelt. Auf der Spitze des Berges befindet sich ein Schrein mit zwei Glaskugeln, die das Gleichgewicht der Elemente Erde und Wasser symbolisieren. Gemeint damit sind die rote und die blaue Kugel, hinter denen die Verbrecherorganisationen Team Aqua bzw. Team Magma her sind. Bewacht werden die Kugeln von zwei Weisen, den Großeltern von Antonia, einem Mitglied der Top Vier aus der Hoenn-Region.
Schlotberg
(Mt. Chimney)
Der Schlotberg ist ein aktiver Vulkan in der Hoenn-Region und liegt nördlich von Bad Lavastadt.
Siegelkammer
(Sealed Chamber)
Die Siegelkammer ist eine wichtige Ruine in der Hoenn-Region, da man dort die Kammern von Regice, Registeel und Regirock öffnen kann. In dieser Höhle müssen folgende Voraussetzungen erfüllt sein:
Siegesstraße
(Victory Road)
Die Siegesstraße ist eine Höhle in der Hoenn-Region. Sie besteht aus drei Ebenen. Für die unteren zwei werden VM04 (Stärke), VM05 (Blitz) und VM06 (Zertrümmerer), für die unterste außerdem noch VM03 (Surfer) benötigt. VM07 (Kaskade) braucht man lediglich in der untersten Ebene, wenn man die Siegesstraße verkehrtherum durchläuft. In Richtung Top Vier kann man es optional einsetzen, um drei Trainerkämpfen zu entgehen.